GEO help: Mouse over screen elements for information.
Status
Public on Jun 08, 2006
Title
Potato 10k cDNA array version 4
Technology type
spotted DNA/cDNA
Distribution
non-commercial
Organism
Solanum tuberosum Manufacturer
The Institute for Genomic Research
Manufacture protocol
Spotted PCR amplified cDNA array on glass.
Description
Spotted PCR amplified cDNA array on glass.
Web link
http://www.tigr.org/tdb/potato Contributor(s)
Buell CR Submission date
Jun 05, 2006
Last update date
Aug 03, 2011
Contact name
Jia Liu
E-mail(s)
[email protected] URL
http://www.tigr.org/tdb/potato Organization name
Plant Genomics
Street address
9712 Medical Center Drive
City
Rockville
State/province
MD
ZIP/Postal code
20850
Country
USA
Samples (662)
GSM204029 , GSM204030 , GSM204031 , GSM204032 , GSM204033 , GSM204034
GSM204035 ,
GSM204036 ,
GSM204037 ,
GSM204038 ,
GSM204039 ,
GSM204040 ,
GSM204041 ,
GSM204042 ,
GSM204043 ,
GSM204044 ,
GSM204045 ,
GSM204046 ,
GSM204047 ,
GSM204070 ,
GSM204071 ,
GSM204072 ,
GSM204073 ,
GSM204074 ,
GSM204075 ,
GSM204076 ,
GSM204077 ,
GSM204078 ,
GSM204079 ,
GSM204080 ,
GSM204081 ,
GSM204082 ,
GSM204083 ,
GSM204084 ,
GSM204085 ,
GSM204086 ,
GSM204087 ,
GSM204088 ,
GSM204089 ,
GSM204090 ,
GSM204091 ,
GSM204092 ,
GSM204093 ,
GSM204094 ,
GSM204095 ,
GSM204096 ,
GSM204097 ,
GSM204098 ,
GSM204099 ,
GSM204101 ,
GSM204102 ,
GSM204103 ,
GSM204104 ,
GSM204105 ,
GSM204106 ,
GSM204107 ,
GSM204108 ,
GSM204109 ,
GSM204110 ,
GSM204111 ,
GSM204112 ,
GSM204113 ,
GSM204114 ,
GSM204115 ,
GSM204116 ,
GSM204117 ,
GSM204118 ,
GSM204119 ,
GSM204120 ,
GSM204121 ,
GSM204368 ,
GSM204372 ,
GSM204376 ,
GSM204380 ,
GSM204385 ,
GSM204389 ,
GSM204394 ,
GSM204398 ,
GSM204402 ,
GSM204406 ,
GSM204410 ,
GSM204414 ,
GSM204418 ,
GSM204422 ,
GSM204426 ,
GSM204430 ,
GSM204434 ,
GSM204438 ,
GSM204442 ,
GSM204446 ,
GSM204450 ,
GSM204454 ,
GSM204458 ,
GSM204462 ,
GSM205161 ,
GSM205162 ,
GSM205163 ,
GSM205164 ,
GSM205165 ,
GSM205166 ,
GSM205167 ,
GSM205168 ,
GSM205169 ,
GSM205170 ,
GSM205171 ,
GSM205172 ,
GSM205173 ,
GSM205174 ,
GSM205175 ,
GSM205176 ,
GSM205177 ,
GSM205178 ,
GSM205179 ,
GSM205180 ,
GSM205181 ,
GSM205182 ,
GSM205183 ,
GSM205184 ,
GSM205186 ,
GSM205187 ,
GSM205188 ,
GSM205189 ,
GSM205190 ,
GSM205191 ,
GSM205192 ,
GSM205193 ,
GSM205194 ,
GSM205195 ,
GSM205196 ,
GSM205197 ,
GSM205198 ,
GSM205199 ,
GSM205200 ,
GSM205201 ,
GSM205202 ,
GSM205203 ,
GSM205204 ,
GSM205205 ,
GSM205206 ,
GSM205207 ,
GSM205208 ,
GSM205209 ,
GSM205210 ,
GSM205211 ,
GSM205212 ,
GSM205213 ,
GSM205214 ,
GSM205215 ,
GSM205216 ,
GSM205217 ,
GSM205218 ,
GSM205219 ,
GSM205220 ,
GSM205221 ,
GSM205222 ,
GSM205223 ,
GSM205224 ,
GSM205225 ,
GSM205226 ,
GSM205227 ,
GSM205228 ,
GSM205229 ,
GSM205230 ,
GSM205231 ,
GSM205232 ,
GSM205233 ,
GSM205234 ,
GSM205235 ,
GSM205236 ,
GSM205237 ,
GSM205238 ,
GSM205239 ,
GSM205240 ,
GSM205241 ,
GSM205242 ,
GSM205243 ,
GSM205244 ,
GSM205245 ,
GSM205246 ,
GSM205247 ,
GSM205248 ,
GSM205249 ,
GSM205250 ,
GSM205251 ,
GSM205252 ,
GSM205377 ,
GSM205378 ,
GSM205379 ,
GSM205380 ,
GSM205381 ,
GSM205382 ,
GSM205383 ,
GSM205384 ,
GSM205385 ,
GSM205386 ,
GSM205387 ,
GSM205388 ,
GSM205389 ,
GSM205390 ,
GSM205391 ,
GSM205392 ,
GSM205393 ,
GSM205394 ,
GSM205395 ,
GSM205396 ,
GSM205397 ,
GSM205398 ,
GSM205399 ,
GSM205400 ,
GSM205401 ,
GSM205402 ,
GSM205403 ,
GSM205404 ,
GSM205405 ,
GSM205406 ,
GSM205407 ,
GSM205408 ,
GSM205409 ,
GSM205410 ,
GSM205411 ,
GSM205412 ,
GSM205413 ,
GSM205414 ,
GSM205415 ,
GSM205416 ,
GSM205417 ,
GSM205418 ,
GSM205419 ,
GSM205437 ,
GSM205438 ,
GSM205439 ,
GSM205440 ,
GSM205441 ,
GSM205442 ,
GSM205443 ,
GSM205444 ,
GSM205445 ,
GSM205446 ,
GSM205447 ,
GSM205448 ,
GSM205449 ,
GSM205450 ,
GSM205451 ,
GSM205452 ,
GSM205453 ,
GSM205454 ,
GSM205455 ,
GSM205456 ,
GSM205457 ,
GSM205458 ,
GSM205459 ,
GSM205460 ,
GSM205461 ,
GSM205462 ,
GSM205463 ,
GSM205464 ,
GSM205465 ,
GSM205466 ,
GSM205467 ,
GSM205468 ,
GSM205469 ,
GSM205470 ,
GSM205471 ,
GSM205472 ,
GSM205473 ,
GSM205474 ,
GSM205475 ,
GSM205476 ,
GSM205477 ,
GSM205478 ,
GSM205479 ,
GSM205480 ,
GSM205481 ,
GSM205482 ,
GSM205483 ,
GSM205484 ,
GSM205485 ,
GSM205486 ,
GSM205487 ,
GSM205488 ,
GSM205489 ,
GSM205490 ,
GSM205491 ,
GSM205492 ,
GSM205493 ,
GSM205494 ,
GSM205495 ,
GSM205496 ,
GSM205497 ,
GSM205498 ,
GSM205499 ,
GSM205500 ,
GSM205501 ,
GSM205502 ,
GSM205503 ,
GSM205504 ,
GSM205505 ,
GSM205506 ,
GSM205507 ,
GSM205508 ,
GSM205509 ,
GSM205510 ,
GSM205511 ,
GSM205512 ,
GSM205513 ,
GSM205514 ,
GSM205515 ,
GSM205516 ,
GSM205517 ,
GSM205518 ,
GSM205519 ,
GSM205520 ,
GSM205521 ,
GSM205522 ,
GSM205523 ,
GSM205524 ,
GSM205525 ,
GSM205526 ,
GSM205527 ,
GSM205528 ,
GSM205529 ,
GSM205530 ,
GSM205531 ,
GSM205532 ,
GSM205533 ,
GSM205534 ,
GSM205535 ,
GSM205536 ,
GSM205537 ,
GSM205538 ,
GSM205539 ,
GSM205540 ,
GSM205541 ,
GSM205542 ,
GSM205543 ,
GSM205544 ,
GSM205545 ,
GSM205546 ,
GSM205547 ,
GSM205548 ,
GSM205549 ,
GSM205550 ,
GSM205551 ,
GSM205552 ,
GSM205553 ,
GSM205554 ,
GSM205555 ,
GSM261377 ,
GSM261378 ,
GSM261379 ,
GSM261380 ,
GSM261381 ,
GSM261382 ,
GSM261383 ,
GSM261384 ,
GSM261385 ,
GSM261386 ,
GSM261387 ,
GSM261388 ,
GSM261389 ,
GSM261390 ,
GSM261391 ,
GSM261392 ,
GSM265076 ,
GSM265077 ,
GSM265078 ,
GSM265079 ,
GSM265080 ,
GSM265081 ,
GSM265082 ,
GSM265083 ,
GSM265084 ,
GSM265085 ,
GSM265086 ,
GSM265087 ,
GSM265088 ,
GSM265089 ,
GSM265090 ,
GSM265091 ,
GSM265092 ,
GSM265093 ,
GSM265094 ,
GSM265095 ,
GSM265096 ,
GSM265097 ,
GSM265098 ,
GSM265099 ,
GSM265100 ,
GSM265101 ,
GSM265102 ,
GSM265103 ,
GSM265104 ,
GSM265106 ,
GSM265107 ,
GSM265108 ,
GSM265109 ,
GSM265110 ,
GSM265111 ,
GSM265112 ,
GSM265113 ,
GSM265114 ,
GSM265115 ,
GSM265116 ,
GSM265117 ,
GSM265118 ,
GSM265119 ,
GSM265120 ,
GSM265121 ,
GSM265122 ,
GSM265123 ,
GSM265124 ,
GSM265125 ,
GSM265126 ,
GSM265127 ,
GSM265128 ,
GSM265129 ,
GSM265130 ,
GSM265131 ,
GSM265132 ,
GSM265133 ,
GSM265134 ,
GSM265135 ,
GSM265136 ,
GSM265137 ,
GSM265138 ,
GSM265139 ,
GSM265140 ,
GSM265141 ,
GSM265142 ,
GSM265143 ,
GSM265144 ,
GSM265145 ,
GSM265146 ,
GSM265147 ,
GSM265148 ,
GSM265149 ,
GSM265150 ,
GSM265151 ,
GSM265152 ,
GSM265153 ,
GSM265154 ,
GSM265155 ,
GSM265156 ,
GSM265157 ,
GSM265158 ,
GSM265159 ,
GSM265160 ,
GSM265161 ,
GSM265162 ,
GSM265163 ,
GSM265164 ,
GSM265165 ,
GSM265166 ,
GSM265167 ,
GSM265168 ,
GSM265169 ,
GSM265170 ,
GSM265171 ,
GSM265172 ,
GSM265173 ,
GSM265174 ,
GSM265175 ,
GSM265176 ,
GSM265177 ,
GSM265178 ,
GSM265179 ,
GSM265180 ,
GSM265181 ,
GSM265182 ,
GSM265183 ,
GSM265184 ,
GSM265185 ,
GSM265186 ,
GSM265187 ,
GSM265188 ,
GSM265189 ,
GSM265190 ,
GSM265191 ,
GSM265192 ,
GSM265193 ,
GSM265194 ,
GSM265195 ,
GSM265196 ,
GSM265197 ,
GSM265198 ,
GSM265199 ,
GSM265200 ,
GSM265201 ,
GSM265202 ,
GSM265203 ,
GSM265204 ,
GSM265205 ,
GSM265206 ,
GSM265207 ,
GSM265208 ,
GSM265209 ,
GSM265210 ,
GSM265211 ,
GSM265212 ,
GSM265213 ...
Accession list truncated, click here to browse through all related public accessions You can also download a list of all accessions here Series (31)
GSE8243 Drought Stress Response of Andean Potato
GSE8245 Nicotiana nectary development
GSE8246 Global analysis of gene expression associated with germination in tomato seeds.
GSE8250 Quantitative resistance response to late blight in potato
GSE8255 Plant genes affected by Solanum tuberosum and Colorado potato beetle interaction
GSE8256 Host responses of Nicotiana benthamiana to infection by multiple plant viruses
GSE8258 Profiling gene expression levels to investigate the degree of substantial equivalence between GM and non-GM potato
GSE8259 The effect of RPN9 silencing in N. benthamiana
GSE8274 Molecular Markers for Predicting Potato Tuber Bruise Susceptibility
GSE8276 Application of Functional Genomics to the Study of Solanacea's Defense Mechanisms against Xanthomonas sp. Pathogenicity
GSE8277 Profile of Animal Cell Death Gene Expressing Nicotiana tabacum
GSE8280 Effect of TIF on gene expression under inductive and non-inductive photoperiods
GSE8281 Functional genomic analysis of cold acclimation in the genus Solanum
GSE8282 Gene expression profiles in the peel and pericarp of pepper fruit
GSE8283 The effect of heat stress on the expression profile of potato tuber periderm genes
GSE10338 Genetics of internal heat necrosis (IHN) in potato (Solanum tuberosum) via microarray analysis of gene expression
GSE10481 Comparative Solanum wild species transcription profiles under controlled water stress conditions
GSE10482 Gene expression during innate immunity in tobacco triggered by bacteria.
GSE10483 Low temperature sweetening of potato tubers
GSE10484 Sprouting process in potato tuber
GSE10485 Analysis of Potato Smooth Skin Mutant Susceptible to Powdery Scab Disease
GSE10486 Transcriptional rearrangements in tomato in response to herbivory and signals of competition
GSE10487 Transcriptional profiling of two stress responses in potato
GSE10488 Local and systemic gene expression in potato infected with PVY
GSE10489 Heat-stress of maturing microspores derived from wild type and starch-less mutant plants of Nicotiana sylvestris
GSE10490 Potato Encyclopedia
GSE10491 Blue light inhibition of tuberization
GSE10492 Signalling events triggered in response to gibberellins during potato tuber sprouting
GSE15538 Comparative transcript profiling of plant virus synergism
GSE18053 Gene expression study after 1 and 3 days of salt exposure in a Solanum tuberosum cultivar called PS3
GSE18196 Aggressive Potato virus YNTN (PVYNTN) and mild PVYN isolates trigger different specific responses in susceptible potato
Relations Alternative to
GPL10564 Alternative to
GPL14110
Data table header descriptions ID Spot identifier for each feature
BLOCK The block number for the feature
COLUMN The column location within the block
ROW The row location within the block
NAME Descriptive gene name, from Potato Gene Index Build 10.0
VALIDATION 0: spot not validated and not recommended for use; 1:validated spot
CLONE_NAME The name of original clone used for PCR amplification.
GB_LIST Genbank accession number(s) for the clone. ,
TA The TIGR Plant Transcript Assembly identifier for this clone.
TC The TIGR Potato Gene Index build indentifier.
TC_LIST The mapped TC numbers in previous potato Gene Index build
SPOT_ID identifier for spots without GenBank Accession Number
Data table ID BLOCK COLUMN ROW NAME VALIDATION CLONE_NAME GB_LIST TA TC TC_LIST SPOT_ID 406589
1
1
1
Do not use. Not validated.
0
STMCB13
TA15572_4113,TA6057_4113
TC117134,TC114198
TC107813,TC31441,TC33075,TC46922,TC54665,TC59996,TC69969,TC79503,TC86976,TC95527
Clone STMCB13 (Do not use. Not validated.)
406590
1
2
1
68414.m02118 oligouridylate-binding protein putative similar to oligouridylate binding protein
1
STMCN61
BQ113438 TA1046_4113
TC119126
TC38254,TC45025,TC58039,TC75096,TC93361
406591
1
3
1
Do not use. Not validated.
0
STMDC19
Clone STMDC19 (Do not use. Not validated.)
406592
1
4
1
(O24164) Protoporphyrinogen oxidase mitochondrial (PPO II)
1
STMDR67
BQ117320 TA9128_4113
TC121473
TC105521,TC35787,TC54265,TC67575,TC86203
406593
1
5
1
Do not use. Not validated.
0
STMEK13
TA4032_4113,TA687_4113
TC120160,TC119016
TC30607,TC37992,TC45756,TC49029,TC57563,TC67620,TC74232,TC75873,TC92623,TC94429
Clone STMEK13 (Do not use. Not validated.)
406594
1
6
1
(O22582) Histone H2B
1
STMEW61
BQ121261 , BQ121262 TA6367_4113,TA6367_4113
TC113930
TC32944,TC50213,TC67886,TC77458,TC95859
406595
1
7
1
Do not use. Not validated.
0
STMGH19
TA8780_4113
TC127621,TC125610
TC109440,TC52749,TC54426,TC59842,TC72540,TC77719,TC92053,TC95281
Clone STMGH19 (Do not use. Not validated.)
406596
1
8
1
(Q24079) E93
1
STMGU67
BQ508153 TA15299_4113
TC117014
TC99213
406597
1
9
1
(Q7CX27) AGR_C_4415p
1
STMHO13
BQ510942 TA20889_4113
TC131544
TC110210,TC43949,TC63263,TC81040
406598
1
10
1
68415.m02128 cytidylyltransferase domain-containing protein similar to CoA synthase [Mus musculus]
1
STMIA61
BQ512789 , BQ512790 TA14514_4113,TA14514_4113
TC116646
TC51226,TC62292,TC79544,TC98867
406599
1
11
1
68418.m01464 fringe-related protein similarity to predicted proteins + similar to hypothetical
1
STMIN19
BQ514648 , BQ514649 TA13462_4113,TA13462_4113
TC115786
TC106835,TC42262,TC69736,TC88159
406600
1
12
1
(Q9SBM1) Hydroxyproline-rich glycoprotein DZ-HRGP precursor
1
STMIZ67
BQ516754 , BQ516755 TA8911_4113,TA8911_4113
TC121211
TC107714
406601
1
13
1
(Q8H0I6) Cytochrome P450
1
STMJP13
BQ519302 , BQ519303 TA16379_4113,TA16379_4113
TC123370
TC55583,TC62751,TC79414,TC99011
406602
1
14
1
Do not use. Not validated.
0
STMCJ61
TA4901_4113
TC120286
TC103909,TC38633,TC45548,TC67273,TC75811
Clone STMCJ61 (Do not use. Not validated.)
406603
1
15
1
(Q9ANE4) ID289
1
STMCX19
BQ114900 TA13561_4113,TA10620_4113
TC115603,TC129147
TC109141,TC36530,TC40383,TC51624,TC55582,TC70167,TC70693,TC80458,TC89085,TC99732
406604
1
16
1
co-chaperone GrpE putative
1
STMDM67
BQ116960 , BQ504560 TA10334_4113,TA10334_4113
TC129094
TC36548,TC42301,TC69588,TC87751,TC97741
406605
1
17
1
(P52401) Glucan endo-1 3-beta-glucosidase basic isoform 2 precursor ((1->3)-beta-glucan
1
STMEH13
BQ119085 , BQ119086 TA1012_4113,TA1012_4113
TC126210
TC37966,TC53304,TC66261,TC74789,TC92993
406606
1
18
1
AT3g02790/F13E7_27
1
STMES61
BQ120740 , BQ120741 TA1842_4113,TA1842_4113
TC112453
TC103129,TC30060,TC53885,TC66901,TC85259
406607
1
19
1
1
STMGD19
BQ505308 TA14993_4113,TA14993_4113
TC124100
TC99603
406608
1
20
1
68418.m07265 glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein contains Pfam PF03009 :
1
STMGQ67
BQ507487 , BQ507488 TA13453_4113,TA13453_4113
TC122507
TC54905,TC61368,TC88206,TC98033
32448 4696 Kbytes .Supplementary data files not provided
Less...
More...